Em resposta à grande onda de imigração suíça para o Brasil, a primeira representação suíça fora da Europa foi estabelecida no Rio de Janeiro em 1819.

O reconhecimento pela Suíça da independência do Brasil em 1822 permitiu o estabelecimento de relações diplomáticas a partir de 1826. Na segunda metade do século XIX, outros consulados suíços foram abertos em Recife, Salvador, Pará, Porto Alegre, Curitiba e São Paulo. A representação suíça no Rio de Janeiro tornou-se uma Legação em 1907 e uma Embaixada em 1958, enquanto a representação em São Paulo foi atualizada para um Consulado Geral em 1953. Em 1972, a Embaixada foi transferida para Brasília.

No ano de 1856, diante à a Revolta de Ibicaba, aconteceu a primeira missão diplomática suíça no Brasil com o objetivo de ajudar os trabalhadores suíços nas plantações de café a obter garantias salariais.

No final do século XIX, a antiga disputa territorial na região de fronteira entre o Brasil e a França voltou a se intensificar. Em 1897, os dois países apelaram aos bons ofícios do Conselho Federal Suíço para arbitragem. O Barão de Rio Branco defendeu seu caso junto ao governo suíço. Os documentos e os mapas do padre jesuíta Aloisio Conrado Pfeil e as pesquisas e os relatos do cientista Emil Goeldi foram determinantes. Em 1900, Walter Hauser, Presidente da Confederação, decidiu a favor do Brasil, que integrou o território do atual Estado do Amapá.

Durante a Segunda Guerra Mundial, o Brasil escolheu a Suíça para representar seus interesses na Alemanha, Itália, Japão, França, Dinamarca e Egito. Mais tarde, a Suíça representou os interesses do Brasil na URSS e em Cuba.

Em 2008, os dois países assinaram um memorando para o estabelecimento de parceria estratégica sobre questões de interesse comum nos campos político, econômico e científico. Hoje, a Suíça e o Brasil possuem relações bilaterais ricas e variadas, baseadas na confiança mútua e amizade construídas ao longo dos últimos 200 anos.